El inicio de lo que hoy se conoce como la Federación de Béisbol Aficionado de Puerto Rico se remonta al 1940, como un esfuerzo de la antigua Comisión de Parques y Recreo Públicos con la organización del torneo de béisbol Doble A. En el año de 1951 se creó la Liga de Béisbol Aficionado y al finalizar el torneo del 1953 la Liga pasa a conocerse como el Circuito Superior de Béisbol Aficionado de Puerto Rico, afiliado a la Administración de Parques y Recreo Públicos y presidido por el Lcdo. Ernesto Juan Fonfrías.
En el año 1970 llega a la presidencia el Lcdo. Osvaldo Gil Bosch y se incorpora como organismo independiente del gobierno, la Federación de Béisbol Aficionado de Puerto Rico. El Lcdo. Gil Bosch presidió la Federación durante los próximos treinta y tres años, aumentando el número de franquicias a treinta y seis y obteniendo grandes logros en el ámbito local e internacional.
En el año 1972, se organiza la Liga de Béisbol Doble A Juvenil y desde entonces ha celebrado torneos de manera ininterrumpida hasta el día de hoy. En el año 2002, ante el retiro del Lcdo. Osvaldo Gil, asume la presidencia de la Federación el Lcdo. Israel Roldán. Bajo la incumbencia de Roldán se aprueba la participación de peloteros con experiencia profesional en el torneo Doble A. Además, se aumentó el número de franquicias de manera gradual hasta alcanzar la cifra de cuarenta y ocho 48 equipos, se organizó el Torneo Femenino, la Liga Juvenil se expandió hasta alcanzar 78 equipos y se fortaleció el Equipo Nacional con la participación de jugadores profesionales.
En el 2009, ante la creciente complejidad de la institución, la Junta de Directores de la Federación de Béisbol Aficionado de Puerto Rico decide incorporar como estructuras separadas.
– Liga de Béisbol Superior Doble A – Actualmente cuenta con 45 franquicias, con más de 1,200 jugadores. La misma cuenta con 80 años de trayectoria.
– Liga de Béisbol Femenino – Establecida desde el 2009. Tiene 8 equipos y cuenta con la participación de más de 120 jugadoras.
– Liga de Béisbol Doble A Juvenil – Organizada desde 1972. Actualmente cuenta con 60 equipos e impacta a más de 1,300 jóvenes entre 15 a 18 años.
– Equipo Nacional – Es la representación oficial del béisbol puertorriqueño a nivel internacional, con categorías Sub 12, Sub 15, Sub 18, Sub 23, Femenino y Masculino.
Cada entidad cuenta con plena autonomía en cuanto a su personalidad jurídica y administrativa, separada con plenos poderes para el manejo de su presupuesto conforme con lo establecido en las normativas de la Constitución de la Federación de Béisbol de Puerto Rico.
En el 2012, asume la presidencia de la Federación el Dr. José D. Quiles Rosas, quien actualmente lidera la organización. Bajo su dirección, el béisbol de Puerto Rico ha conquistado sus más importantes logros a nivel internacional con dos medallas de plata Mundiales (2013 y 2017), una de oro Centroamericana (2018) y la primera de oro Panamericana (2019). Además, se creó el Torneo Escolar Federativo con la participación de 10 escuelas y se nombró el Torneo Doble A Juvenil con el nombre de la leyenda puertorriqueña Roberto Alomar. También, se establecieron las Ligas Sub 12, Sub 15 y Sub 23.
